バニラエアは7月14日から、公式ウェブサイトでの航空券購入の決済手段を拡充し、携帯キャリア3社（NTTドコモ、au、ソフトバンク）を通じて支払いが可能になりました。月々の通信料金と合わせて航空券の支払いができます。
■各社支払い方法
・NTTドコモ 「ｄケータイ払いプラス」
・KDDI 「auかんたん決済」
・ソフトバンク 「ソフトバンクまとめて支払い・ワイモバイルまとめて支払い」
バニラエアの支払い方法は上記に加えて、クレジットカード払い（VISA, Master, JCB, Diners, Discover, AMEX, UnionPay）とコンビニ払いが選べます。
航空券購入時にかかる支払手数料は1人1区間600円です。